Dział I: Organy represji i administracji III Rzeszy Niemieckiej.
Dział II: Organy represji Związku Socjalistycznych Republik Sowieckich.
Dział III: Cywilne organy bezpieczeństwa państwa.
Dział IV: Wojskowe organy bezpieczeństwa państwa.
Dział V: Wojska wewnętrzne.
Dział VI: Jednostki i administracja wojskowa.
Dział VII: Cywilne organy wymiaru sprawiedliwości, w tym sądy specjalne, prokuratury powszechne oraz sądy powszechne.
Dział VIII: Wojskowe organy wymiaru sprawiedliwości, w tym prokuratury wojskowe oraz sądy wojskowe.
Dział IX: Więziennictwo oraz instytucje penitencjarne, w tym więzienia, zakłady karne, areszty oraz inne miejsca odosobnienia.
Dział X: Komisja Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu oraz krajowe i zagraniczne organy i instytucje badania i ścigania zbrodni niemieckich.
Dział XI: Organy administracji publicznej, urzędy, instytucje oraz organizacje społeczno-polityczne, w tym pozasądowe organy wymiaru sprawiedliwości oraz archiwa organizacji niepodległościowych i oporu społecznego.
Dział XII: Archiwa osobiste i kolekcje.
Dział XIII: Zbiory archiwalne, w tym dokumenty z archiwów zagranicznych lub ich kopie gromadzone na zasadzie zbiorów.